Seit 1999 sind in der Sekundarstufe I Zollikofen das Wohl und die Gesundheit der Schüler/-innen und Lehrpersonen als Schwerpunktthema der Schulentwicklung definiert. Als Besonderheit sind die alle drei Jahre stattfindenden klassenübergreifenden Projekten hervorzuheben, welche in einer Aufführung kulminieren.

Getragen wird die Gesundheitsförderung von der strukturellen Ebene. Dazu gehören zum Beispiel die Festlegung von gemeinsam getragenen Interventionsverfahren in schwierigen Situationen, die Definition von geeigneten Räumlichkeiten für die verschiedenen Aktivitäten (gemeinsame Überlegungen zur Organisation der Schulzimmer) und die Regelung der Dienstleistungen wie beispielsweise der Kantine.