Zugunsten der stufenübergreifenden Zusammenarbeit und der lokalen Vernetzung wird am Sekundarschulzentrum Ägelsee jedes Schuljahr von einem Jahresmotto begleitet. Zu diesem Motto-Thema werden stufenangepasste Unterrichtsinhalte entwickelt, Projektwochen durchgeführt oder in Zusammenarbeit mit den Gemeinden Anlässe organisiert.

Seit 1999 sind in der Sekundarstufe I Zollikofen das Wohl und die Gesundheit der Schüler/-innen und Lehrpersonen als Schwerpunktthema der Schulentwicklung definiert. Als Besonderheit sind die alle drei Jahre stattfindenden klassenübergreifenden Projekten hervorzuheben, welche in einer Aufführung kulminieren.

Getragen wird die Gesundheitsförderung von der strukturellen Ebene. Dazu gehören zum Beispiel die Festlegung von gemeinsam getragenen Interventionsverfahren in schwierigen Situationen, die Definition von geeigneten Räumlichkeiten für die verschiedenen Aktivitäten (gemeinsame Überlegungen zur Organisation der Schulzimmer) und die Regelung der Dienstleistungen wie beispielsweise der Kantine.